Wiosną 2005 roku pomocną dłoń swemu wychowankowi wyciągnęła Jagiellonia. Jesienią tego samego roku Matys ponownie wyemigrował do Włoch, tym razem do V-ligowego klubu US Tolentino. W międzyczasie przeniósł się do innego zespołu z tej ligi, AC Boca San Lazzaro. Wytrzymał tam jednak tylko pół sezonu, bo rundę wiosenną sezonu 2006/2007 zaczął w Ruchu Wysokie Mazowieckie. W styczniu 2008 roku opuścił zespół Ruchu. Nie doszedł do porozumienia z władzami klubu Narew Ostrołęka, pomimo awizowania go już jako zawodnika Narwi. Latem 2008 roku zakończył karierę piłkarską, co spowodowane było przewlekłymi kontuzjami, i zajął się pracą z młodzieżą w MOSP Jagiellonii (rocznik 2002). Od 4 września 2009 był asystentem Sławomira Kopczewskiego w IV-ligowym ŁKS Łomża, z którym latem 2010 roku przeniósł się do II-ligowego Ruchu Wysokie Mazowieckie. Z końcem września 2010, nieoczekiwanie doszło do dymisji Matysa z funkcji II trenera Ruchu (I trener pozostał na stanowisku), oficjalnym powodem zwolnienia szkoleniowca były złe wyniki drużyny. Obecnie Piotr Matys postawił na pracę z młodzieżą (jednak już nie w MOSP Jagiellonii).