W styczniu 1990 roku grupa odbyła trasę koncertową Bloodbrothers Tour wraz z Autopsy i Bolt Thrower. Następnie Pestilence opuścił Martin van Drunen, który dołączył do Asphyx. Podczas sesji nagraniowej trzeciego albumu grupa zatrudniła basistę Tony'ego Choya, który był wówczas członkiem grupy Cynic. Z kolei partie wokalne zarejestrował Patrick Mameli. W zmienionym składzie grupa wydała płytę Testimony of the Ancients. W ramach promocji został zrealizowany teledysk do utworu "Land Of Tears". Po nagraniach Choy wyjechał do Stanów Zjednoczonych gdzie dołączył do grupy Atheist. Nowym basistą został Jeroen Paul Thesseling.
W 1993 roku ukazał się czwarty album grupy pt. Spheres. Wydawnictwo zadebiutowało na 49. miejscu holenderskiej listy sprzedaży. Płytę promował teledysk do utworu "Mind Reflections" zrealizowany przez Rogier van der Ploeg Productions. Nagrania zawarte na płycie stylistycznie nawiązywały do nurtu jazz fusion. Rok później grupa została rozwiązana. W 1994 roku wytwórnia Roadrunner Records wydała kompilację nagrań zespołu pt. Mind Reflections. Na Płycie znalazły się m.in. utwory zarejestrowane podczas koncertu Dynamo Open Air w 1992 roku oraz kompozycja "Hatred Within", która w oryginale została wydana na kompilacji Teutonic Invasion Part II.