Honduras bierze również udział w rozgrywkach o Copa Centroamericana. Triumfował w nim czterokrotnie (1993, 1995, 2011, 2017), trzykrotnie zajął drugie miejsce (1991, 2005, 2013), dwukrotnie trzecie (1999, 2009), i czwarte miejsce (1997, 2003). Pozostałe turnieje kończył po fazie grupowej.
W 2001 roku zespół został zaproszony do udziału w Copa América. W swoim pierwszym występie w mistrzostwach Ameryki Południowej zajął trzecie miejsce po zwycięstwie 5:4 w serii rzutów karnych z Urugwajem. Rok wcześniej piłkarze Hondurasu debiutowali na Igrzyskach Olimpijskich. Zajął w nich trzecie miejsce w grupie (Włochy, Nigeria, Australia) i odpadł z dalszych gier
W kwalifikacjach do Mundialu 2006 drużyna, mimo iż jej selekcjonerem był w tym czasie znany Serb Velibor Milutinović, poległa już w drugiej rundzie eliminacji.
W kwalifikacjach do Mundialu 2010 Honduras zaprezentował się bardzo dobrze. Zakwalifikował się do mistrzostw zajmując ostatecznie trzecie miejsce w finałowej grupie eliminacyjnej (Stany Zjednoczone, Meksyk, Kostaryka, Salwador, Trynidad i Tobago). Jednym z czołowych strzelców reprezentacji Hondurasu w tych kwalifikacjach był napastnik GKS Bełchatów Carlos Costly.