Z zakażeń grzybiczych najczęściej występuje infekcja Candida albicans.
W warunkach pozaszpitalnych za wystąpienie sepsy odpowiedzialne są głównie patogeny wywołujące zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, takie jak: Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae czy Streptococcus pneumoniae.
thumb|Haemophilus influenzae na płytce z agarem z krwią
Obecnie uważa się, że do rozpoznania sepsy nie jest konieczne stwierdzenie obecności bakterii we krwi. Dodatnie posiewy są stwierdzane jedynie w 20–40% przypadkach ostrej sepsy (40–70% w przypadku wstrząsu septycznego). Ogólnoustrojową reakcję zapalną wywołuje lokalne szerzenie się antygenów patogennych lub toksyn.
Zakażenie będące punktem wyjścia sepsy może mieć charakter jawny i dotyczyć różnych narządów, np. zapalenie otrzewnej, ostre zapalenie trzustki, odmiedniczkowe zapalenie nerek, zapalenie płuc, neuroinfekcje, jak i utajony – najczęściej infekcje zębów i tkanek okołozębowych, zatok przynosowych, migdałków czy pęcherzyka żółciowego. Zgodnie z badaniami przeprowadzonymi przez Polską Grupę Roboczą ds.