W trakcie prac odsłonięto przejściowo wątki murów i elementów, wskazujące na pierwotny, bazylikowy układ kościoła. Na uroczystości milenijne, w czasie których dokonano ponownego poświęcenia kościoła, przybyli m.in. Stefan Wyszyński i abp Karol Wojtyła. W 1978 r. kościół został wyremontowany od zewnątrz. W 1995 r. obchodzono 700-lecie kościoła; z tej okazji z inicjatywy proboszcza prałata Stefana Baldego rozbudowano i odrestaurowano organy, natomiast w głównym wejściu do kościoła umieszczono spiżowe drzwi, przedstawiające dzieje zbawienia i wydarzenia z historii ziemi opolskiej. W 1998 r. dokonano ekshumacji grobu spoczywającego w nawie głównej księcia Jana II Dobrego, a rok później uroczyście przeniesiono jego szczątki do nagrobka w Kaplicy Piastowskiej.
Pod koniec 1. dekady XXI w. przeprowadzono renowację obu wież. Przy tej okazji zdjęto z ich hełmów kończące je kule i krzyże. Renowację lewej (północnej) wieży rozpoczęto we wrześniu 2008 r. a w tubie z jej szczytu znajdowały się: list dziękczynny dla Opola, napisany z okazji rozpoczęcia kolejnego wieku, „cegiełki” (2 pocztówki i srebrny medalik) z ubranym wizerunkiem Najświętszej Maryi Panny w Opolu, których sprzedaż umożliwiła rozbudowę katedry w XIX wieku, litografie z wizerunkami pierwotnych ołtarzy katedralnych, m.in. zdemontowanego pod koniec XIX w.