Rozwój miasta zahamowała reformacja, po której nastąpił okres stagnacji. Wcześniej miasto zostało dwukrotnie nawiedzone przez zarazę (1487, 1529) oraz wielki pożar w 1471 r. Około 1570 r. Aarhus liczył blisko 4500 mieszkańców, lecz po zarazie w 1600 r. liczba ta spadła do ok. 4000J.P. Trap: Danmark. Århus Amt, Gads Forlag 1963, s. 162.. W XVII w., podczas wojen duńsko-szwedzkich, miasto zostało okupowane i splądrowane przez wojska szwedzkie (1644). W latach 1657–1659 stacjonowały tutaj sprzymierzone z Danią wojska polskie i brandenburskieJ.P. Trap: Danmark. Århus Amt, Gads Forlag 1963, s. 163.. Ponowny rozwój miasto zaczęło przeżywać na przełomie XVII i XVIII w., a był on oparty w głównej mierze na handlu zagranicznym. W 1794 r. miasto otrzymało swoją pierwszą gazetę „Aarhuus Stiftstidende”. W latach 1784–1802 zarządcą miasta (amtmand) był Ove Høegh-Guldberg.