W sierpniu 1944 świątynia była miejscem koncentracji wysiedlanych przez Niemców na lewy brzeg Wisły mieszkańców Pragi.
Jesienią 1944, po ostrzelaniu Pragi przez Niemców, jeden z pocisków trafił w największą z kopuł, powodując zawalenie się jej dachu. Straty powstałe w ten sposób naprawiono tymczasowo w 1945. W latach 1952–1953 został przeprowadzony poważny remont. Od rozległego pożaru i w efekcie zniszczenia cerkwi uratowała ją w 1944 spontaniczna reakcja ludności Pragi. W 1944 Niemcy zażądali również oddania im dzwonów soboru z przeznaczeniem na pociski. Dzwony zostały pocięte przed zdjęciem, a następnie w częściach opuszczone na dół. Okazało się jednak, że Niemcy błędnie ocenili, z jakiego stopu wykonano dzwony, i że nie nadają się one do przetopienia. Zniszczone dzwony zostały zespawane i ustawione obok wejścia do soboruD. Sawicki, Historia Katedry..., s. 454.. Nowy dzwon zakupiono dla cerkwi w 1947, ze składek wiernych. Kilkukrotne prośby kierowane przez proboszcza ks. Jana Kowalenkę do Ministerstwa Administracji Publicznej poskutkowały przyznaniem w 1951 pięciu kolejnych dzwonów z magazynu w GdańskuD. Sawicki, Historia Katedry..., ss. 454–455..