Od tego czasu do kwietnia 2006 roku mistrzostwa świata rozgrywane były równolegle w ramach dwóch różnych systemów i trudno rozsądzić, który z dwóch mistrzów świata miał większe prawo do tego tytułu.
Kolejnym przeciwnikiem Kasparowa był Viswanathan Anand, który zakwalifikował się do meczu wygrywając turnieje, podobne do tych, które dotąd organizowała FIDE. Kasparow ten mecz wygrał, lecz w roku 2000 utracił tytuł mistrza świata na rzecz Władimira Kramnika.
W tym czasie FIDE, po rozegraniu w 1996 roku jeszcze jednego cyklu mistrzowskiego, w którym Karpow obronił swój tytuł, zrewolucjonizowała dotychczasowy system. Zaniechano rozgrywania długotrwałych i wielostopniowych eliminacji, organizując w to miejsce jeden wielki turniej, w którym szachiści grają mini-mecze przyspieszonym tempem gry. Turniej jest rozgrywany systemem pucharowym (przegrywający odpada) i trwa kilka tygodni. W pierwszej edycji nowego cyklu Karpow jako obrońca tytułu był nominowany bezpośrednio do meczu finałowego, jednak w kolejnych turniejach mistrz świata został pozbawiony tego przywileju i musiał jak inni walczyć o prawo do gry w finale.