Sezon 2003 zaczął od dobrego występu w futuresie Germany F1A, gdzie doszedł do ćwierćfinału, pokonując po drodze Rosjanina Tejmuraza Gabaszwilego 7:6(2), 6:1, Szwajcara Michaela Lammera 4:6, 6:4, 7:5, a przegrywając z Chorwatem Roko Karanušiciem 3:6, 7:6(2), 3:6. Zaraz po tym turnieju wziął udział w futuresie Germany F1B, gdzie dotarł do 2 rundy, pokonując Czecha Robina Vika, a przegrywając z Czechem Petrem Kralertem 4:6, 4:6. Kubot kontynuował tournée po Niemczech biorąc udział w challengerze, który odbywał się w Hamburgu i doszedł w nim do ćwierćfinału, pokonując w 1. rundzie Niemca Michaela Berrera 6:2, 6:4, w 2. rundzie Francuza Cyrila Saulniera 1:6, 7:6(1), 7:6(6), a przegrał w ćwierćfinale z Rosjaninem Andriejem Stolarowem 6:4, 3:6, 6:7(2). Następnie wziął udział we wrocławskim challengerze prezentując się nie najlepiej, bo dochodząc do 2. rundy, pokonując Włocha Giorgio Galimbertiego 6:7(1), 6:2, 6:2, a przegrywając w kiepskim stylu z Monakijczykiem Jeanem-René Lisnardem 3:6, 4:6. Następnie pojechał na mecz Pucharu Davisa przeciwko RPA. W 1.