W latach 1961–1990 znajdujący się na terytorium NRD dworzec stanowił kolejowe przejście graniczne między Berlinem Wschodnim a Zachodnim. 13 sierpnia 1961 wraz z wzniesieniem Muru Berlińskiego podzielono dworzec na kilka oddzielonych od siebie części: Podziemne perony metra i S-Bahn stanowiły przystanek przesiadkowy między eksterytorialnymi zachodnioberlińskimi liniami. Znajdowały się na nich kioski Intershop (odpowiednik polskiego Peweksu), miały też połączenie z przejściem granicznym. Perony nadziemne zostały rozdzielone stalową ścianą dzielącą halę między peronami B i C, odpowiadającą funkcjonalnie murowi berlińskiemu. Większa, południowa część dworca, stanowiła stronę zachodnią – peron B był stacją końcową zachodnioberlińskiej linii S-Bahn, połączenie torowe na wschód zlikwidowano. Peron A stanowił stację kontrolną dla pociągów międzynarodowych w obu kierunkach. Peron C w północnej części dworca stanowił stację końcową wschodnioberlińskich linii S-Bahn. Tory wybiegające na zachód były zabarykadowane, zaś hala obserwowana przez funkcjonariuszy straży granicznej i służb specjalnych.