Boris Trajkowski, mac. Борис Трајковски (ur. 25 czerwca 1956 w Monospitowie, zm. 26 lutego 2004 w Bitunji) – macedoński polityk, prawnik i duchowny metodystyczny, w latach 1999–2004 prezydent Macedonii.

Życiorys Z wykształcenia był prawnikiem, w 1980 ukończył studia na Uniwersytecie Świętych Cyryla i Metodego w Skopju. Specjalizował się w zakresie prawa handlowego i prawa pracy. Kształcił się również w zakresie teologii w Stanach Zjednoczonych, zostając duchownym metodystycznym. Przez kilkanaście lat pracował jako prawnik, kierował działem prawnym przedsiębiorstwa budowlanego w Skopju, praktykował jednocześnie jako kaznodzieja.

Po ogłoszeniu niepodległości Macedonii zajął się działalnością polityczną. W 1992 wstąpił do narodowej Wewnętrznej Macedońskiej Organizacji Rewolucyjnej – Demokratycznej Partii Macedońskiej Jedności Narodowej (WMRO-DPMNE). Kierował partyjną komisją do spraw stosunków międzynarodowych, był doradcą lidera swojego ugrupowania Lubcza Georgiewskiego. W 1997 został dyrektorem gabinetu burmistrza jednej ze stołecznych dzielnic. Po zwycięskich dla centroprawicy wyborach w 1998 objął stanowisko wiceministra spraw zagranicznych.