W czasie przygotowań do budowy dworca w 1996 powstała największa wówczas na świecie monolityczna płyta betonowa, nakrywająca przebiegającą pod dworcem autostradę A100.
W sierpniu 1998 Deutsche Bahn rozpisała konkurs realizacyjny na przebudowę dworca. Spośród 20 zgłoszonych prac wybrano 20 kwietnia 1999 koncepcję architekta . Następnie opracowano przy współudziale biura inżynierskiego specjalizującego się w budownictwie kolejowym projekt wykonawczy. Konkurs architektoniczny przewidywał budżet w wysokości 55 mln marek dla budynku dworca przy ogólnym budżecie węzła komunikacyjnego 640 mln marek. Ostatecznie koszt budowy nowego dworca wyniósł 115 milionów euro.
Ze względu na liczne skargi mieszkańców, problemy finansowe oraz nieporadne zarządzanie ze strony senatu Berlina nie wykorzystano części przydzielonych środków. Początkowo zakładano, że otwarcie dworca nastąpi w roku 2000. Ostatecznie po przeciągającej się budowie otwarto dworzec 28 maja 2006, już dzień wcześniej otwarto nowe perony dalekobieżne.
Zobacz też Berlin Ostkreuz Berlin Westkreuz
Südkreuz