Praca W 1880 r. otrzymał stanowisko dyrektora muzycznego i organisty uniwersytetu w Bonn. Pracował tam z teologami i badaczami dziejów muzyki kościelnej, m.in.: profesorami Juliusem Smendą i Friedrichem Spittą. W latach 1883–1885 pracował jako dyrektor muzyczny w Bielefeld, a w 1885 r. przeniósł się do Kolonii, gdzie wykładał na tamtejszym konserwatorium muzycznym. W 1890 r. był wykładowcą gimnazjalnym w Darmstadt, udzielając się także jako organista w kilku tamtejszych kościołach protestanckich, a w 1899 r. uzyskał tytuł profesora. Od 1912 r. pracował jako nauczyciel akademicki w Wyższym Konserwatorium Muzycznym we Frankfurcie nad Menem. Mendelssohn zmarł 12 lutego 1933 r. w Darmstadt.
Tytuły Kościół protestancki w Niemczech oraz wiele innych organizacji i instytucji uhonorowało go wieloma nagrodami i tytułami za zasługi w dziedzinie rozwoju muzyki kościelnej, etyki i światopoglądu chrześcijańskiego.