W 2010 Sąd Okręgowy w Warszawie, rozpoznając pozew Piotra Niemczyka przeciwko jednemu z dziennikarzy o naruszenie dóbr osobistych, uwzględnił powództwo, uznając m.in., że instrukcja 0015/92 nie pozwalała na inwigilację prawicy.
W latach 1993–1994 Piotr Niemczyk pracował jako zastępca dyrektora Zarządu Wywiadu UOP. Był także ekspertem sejmowej Komisji ds. Służb Specjalnych (1998–2001), doradcą ministra spraw wewnętrznych i administracji (2000–2001) oraz podsekretarzem stanu w Ministerstwie Gospodarki (2001).
Po odejściu ze służb specjalnych zajął się doradztwem z zakresu bezpieczeństwa i wywiadu konkurencyjnego. Założył jedną z pierwszych w kraju wywiadowni gospodarczych. W 2007 ponownie objął funkcję doradcy Komisji ds. Służb Specjalnych (z rekomendacji posłów Platformy Obywatelskiej), w 2008 wszedł w skład rady konsultacyjnej przy Centralnym Ośrodku Szkolenia ABW. Został wydawcą specjalistycznego biuletynu zajmującego się sprawami bezpieczeństwa międzynarodowego, praw człowieka i przestępczości zorganizowanej. Został również wykładowcą Centralnego Ośrodka Kadr ABW, Collegium Civitas i Uniwersytetu Warszawskiego.