Ten właśnie atak niemieckich oddziałów na siedzibę Polskiego Komisariatu Plebiscytowego w Katowicach był bezpośrednią przyczyną wybuchu drugiego powstania śląskiego, w którym Koj też brał udział, a także bezpośrednio je przygotowywał, będąc łącznikiem pomiędzy ruchem powstańczym i władzami międzysojuszniczymi. W trzecim powstaniu śląskim, w 1921, Jan Koj walczył w 3 pułku powstańczym Niemczyka. Powierzono mu szczególnie odpowiedzialne zadanie organizowania rad ludowych na zajętych przez powstańców terenach. Po likwidacji trzeciego powstania śląskiego Koj powołany został do służb Naczelnej Rady Ludowej Górnego Śląska na stanowiska zastępcy naczelnika Wydziału Pracy i Opieki Społecznej, a później członka prezydium tego organu. Po utworzeniu w 1922 województwa śląskiego Koj objął w Śląskim Urzędzie Wojewódzkim funkcję szefa biura personalnego. Jednakże już we wrześniu wybrany został burmistrzem miasta Mikołowa. Funkcję tę pełnił z wielokrotnego wyboru, nieprzerwanie do 1 września 1939. W 1928 został członkiem Koła Inteligencji Powiatu Prudnickiego. left|thumb|200px|Magistrat Miasta Mikołowa w 1932 – burmistrz Jan Koj – siedzący w środku