Jako czołowy działacz i polityk Rzeczypospolitej Polskiej, a także organizator i uczestnik powstań śląskich (a więc bojownik walki z wojskami niemieckimi), z chwilą rozpoczęcia II wojny światowej zmuszony był uchodzić z kraju. Chcąc pozostać nierozpoznanym w celu możliwości prowadzenia działalności na rzecz Polski, zatrudniony został jako pielęgniarz w Klinice Ortopedii Uniwersytetu Lwowskiego u prof. Grucy, a później jako woźny w Instytucie Medycyny. Uczestniczył także w wykładach z bakteriologii i został współpracownikiem i asystentem w Instytucie prof. Weigla.
Ukrywając się we Lwowie pod pseudonimami Jan Kajan, Józef Liszka, czy Zygmunt Ślączka, był czołowym działaczem konspiracyjnym, pełniąc funkcję jednego z pięciu członków Rady Ludowej Województwa Lwowskiego, organizując ruch oporu, prowadząc działalność propolską oraz jednocząc polskich obywateli na przejętych przez ZSRR terenach. W kwietniu 1944, częściowo zdekonspirowany, zmuszony był uchodzić do Częstochowy, a niedługo później do Radomia, gdzie pod fałszywymi nazwiskami pełnił funkcję syndyka firmy obuwniczej BATA.