Od początku wypełniania mandatu posła tego Sejmu, jako przedwojenny prawicowy polityk, silnie zaangażował się w prace nad samorządowymi i gospodarczymi ustawami określającymi system powoływania przedwojennych państwowych podziałów samorządowych i terytorialnych. Spotykał się jednak z ogromnymi przeciwnościami wobec swoich koncepcji ze strony działaczy komunistycznych, pragnących podporządkowania całego systemu Radzie Państwa i późniejszemu Komitetowi Centralnemu.
Śmierć 6 maja 1948, wyczerpany nieustannymi atakami na swoją osobę ze strony komunistów, zmarł w klinice w Krakowie.
Oficjalna wersja zgonu określona była na zawał serca, spowodowany przepracowaniem i zmęczeniem psychicznym organizmu przez pięcioletnią konspirację wojenną.
Jego grób znajduje się na cmentarzu Centralnym w Gliwicach (sektor LD7-2-1). mały|Grób Jana Koja na Cmentarzu Centralnym w Gliwicach Osoba Jana Koja często wymieniana jest w pozytywnym kontekście w książkach historycznych.
Ordery i odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (30 kwietnia 1925)M.P. z 1925 r. nr 102, poz.