W tym czasie astronauci m.in. rozwinęli pomiędzy modułami Zwiezda i Zarja zestawy kabli energetycznych, systemu sterowania bateriami słonecznymi oraz systemu telewizji wewnętrznej. Ponadto zainstalowali na powierzchni modułu Zwiezda dwumetrowy wysięgnik, na którym umieścili magnetometr wchodzący w skład systemu orientacji. Załoga dokonała również rozładunku wyposażenia (blisko 3 tony) dostarczonego za pomocą statku towarowego Progress M1-3 oraz wymieniła część wadliwych akumulatorów paneli słonecznych i zainstalowała nowe w obu modułach stacji. Przed odcumowaniem od Międzynarodowej Stacji Kosmicznej Progress został zapełniony zużytymi elementami i odpadkami. W module Zwiezda zainstalowano oraz uruchomiono łazienkę, toaletę, kuchnię, bieżnię i komputer. Załoga przeprowadziła także pełną kontrolę wszystkich systemów pokładowych stacji. Podczas misji kilkakrotnie zwiększano wysokość orbity kompleksu – w sumie o ponad 22 km.
18 września 2000 wahadłowiec Atlantis odłączył się od ISS. Po dwóch dniach samodzielnego lotu, 20 września pomyślnie wylądował na pasie Centrum Kosmicznego im. Johna F.