1 lipca w katedrze wileńskiej miało miejsce potwierdzenie unii polsko-litewskiej. 11 lipca Napoleon przyjął w Wilnie deputację Rady Generalnej pod przewodnictwem Józefa Wybickiego, która bezskutecznie zabiegała u cesarza o przywrócenie Królestwa PolskiegoW odpowiedzi cesarz wzywał do zwiększenia wysiłków, unikając wyraźnych obietnic. Przypominał, iż Cesarstwo Austrii jest jego sojusznikiem, co wykluczało odzyskanie Galicji (Odpowiedź Napoleona deputowanym Konfederacji Generalnej Królestwa Polskiego z 11 lipca 1812 r.).. Po 14 lipca 1812 roku konfederacja przejęła formalnie administrację nad terytoriami litewsko-ruskimi kontrolowanymi przez armie napoleońskie. Władzę w jej imieniu sprawowała Komisja Rządu Tymczasowego Wielkiego Księstwa Litewskiego, będąca de facto pod kontrolą francuskiego komisarza Edwarda Bignona.
Jeszcze przed zakończeniem fatalnej kampanii rosyjskiej Napoleona, władze konfederacji usiłowały podjąć negocjacje z carem Aleksandrem (upoważniony do tego został Adam Jerzy Czartoryski).