Tym samym w 2000 portugalski bank stał się inwestorem strategicznym banku.

Proces fuzji prawnej i operacyjnej BIG i Banku Gdańskiego rozpoczęty w 1997 trwał do 2002, kiedy nastąpiło połączenie obu instytucji w jedną spółkę oraz zakończył się proces unifikacji systemów informatycznych obu banków. Połączony bank realizował obsługę dużych klientów instytucjonalnych i korporacyjnych pod swoją nazwą prawną, natomiast marka handlowa Millennium była wykorzystywana do obsługi klientów indywidualnych (Millennium i Millennium Prestige) i segmentu małych i średnich przedsiębiorstw (Millennium Biznes).

W 2002 bank podjął decyzję o wycofaniu z rynku otwartych funduszy emerytalnych poprzez sprzedaż powszechne towarzystwo emerytalne {ego} na rzecz BRE Banku.

Bank Millennium W wyniku decyzji podjętej przez władze banku w tym samym roku, BIG Bank Gdański zmienił nazwę na Bank Millennium w 2003. Głównym akcjonariuszem został portugalski Banco Comercial Português (BCP). Obecnie BCP posiada 50,1% akcji Banku Millennium (stan na koniec 2021).

W 2013 Bogusław Kott zrezygnował z piastowania funkcji prezesa zarządu banku. Zastąpił go Joao Bras Jorge.