Trudna sytuacja ekonomiczna i polityczna Grecji sprawiła jednak, że w kraju pojawiły się wątpliwości co do możliwości sfinansowania igrzysk. Pod koniec 1894 roku przewodniczący komitetu organizacyjnego Stefanos Skulidis wydał raport stwierdzający, iż koszt przeprowadzenia olimpiady będzie trzykrotnie wyższy, niż pierwotnie zakładano, i wyniesie 3,7 miliona drachm. Z powodu trudnej sytuacji finansowej państwa ówczesny premier Charilaos Trikupis, który sprawował tę funkcję na przemian z Teodorosem Dilijanisem, oraz Stefanos Dragumis, przewodniczący lokalnej federacji Zappas Olympic Comittee, podali w wątpliwość organizację igrzysk. Wówczas rząd Trikupisa wycofał się ze współfinansowania imprezy. W związku z tym komitet organizacyjny zamierzał podjąć decyzję o rezygnacji miasta z przeprowadzenia zawodów.