Współcześnie duża część świętych miejsc tubylczych jest zagrożona przez rozmaite formy działalności osób trzecich, w tym przez niekorzystne oddziaływanie przemysłu i masowej turystyki, zakłócające zarówno dotychczasowy charakter samych miejsc kultu, jak i możliwość swobodnych i nieskrępowanych praktyk religijnych osób i grup z nich korzystających. Rodzi to spory indiańskich plemion, grup religijnych i organizacji (wspieranych często np. przez organizacje ekologiczne i grupy broniące praw człowieka) z obecnymi właścicielami i innymi użytkownikami tych miejsc (stanowiących często teren publiczny o rozmaitym statusie ochronnym). Nierzadko spory dotyczą także samego prawa własności do tych miejsc (jak w sporze o Góry Czarne), w przeszłości należących do Indian, a następnie odebranych im (nierzadko siłą i z naruszeniem prawa). W niektórych przypadkach wieloletnie czasem sądowe spory i akcje protestacyjne zakończyły się zwrotem tych miejsc ich pierwotnym tubylczym właścicielom (Jezioro Błękitne, Mount Adams) lub inną formą kompromisu.