Na parterze budynku przez portyk wchodzi się do reprezentacyjnej sieni, wspartej na granitowych kolumnach. Przez sień na wprost od wejścia znajduje się rozległa klatka schodowa dopełniona kamienną, ażurową balustradą. Wystój sieni oraz klatki schodowej oparty na ostrołukowych strukturach portali i przejść oraz sklepień wpisuje się w neogotycki styl gmachu, przywołując średniowieczne rozwiązania przestrzenne zastosowane m.in. na zamku w Malborku. Najokazalszą salą w Collegium Novum jest aula uniwersytecka znajdująca się na pierwszym piętrze gmachu. Jest to wielkie prostokątne pomieszczenie nakryte belkowym stropem kasetonowym wspartym na kroksztynach. Spośród wyposażenia sali należy wymienić neogotyckie katedry rektorskie oraz znajdujące się na ścianach liczne portrety i obrazy. Wśród obrazów wyróżnić można m.in. dzieła Jana Matejki jak „Astronom Kopernik”, zakupiony ze składek publicznych dla Uniwersytetu oraz trzy portrety wyobrażające rektorów UJ: Józefa Dietla, Józefa Szujskiego oraz Stanisława Tarnowskiego. Inne wyróżniające się obrazy eksponowane w sali to namalowane przez Leopolda Löfflera portrety Kazimierza Wielkiego i Władysława Jagiełły oraz portret królowej Jadwigi autorstwa Antoniego Piotrowskiego.