Jednostki te brały czynny udział w oczyszczaniu wód Bałtyku z min morskich oraz innego uzbrojenia pozostałego po zakończeniu II wojny światowej. thumb|lewo|Okręty desantowe projektu 770 W maju 1965 roku po rozwiązaniu Bazy MW w Świnoujściu i podległych jej jednostek, na mocy rozkazu dowódcy MW nr 027 z dnia 29 kwietnia 1965 roku utworzono 8 Flotyllę Obrony Wybrzeża. W tym samym roku utworzono wywodzącą się z Flotylli Środków Desantowych – 2 Brygadę Okrętów Desantowych i 12 Dywizjon Trałowców Bazowych. Odtworzono również Komendę Portu Wojennego wraz z Dywizjonem Pomocniczych Jednostek Pływających oraz przeniesioną z Ustki Orkiestrę Wojskową. Obowiązki dowódcy flotylli powierzono komandorowi Zygmuntowi Rudomino. W początkowym okresie głównym zadaniem Flotylli była obrona polskiego wybrzeża morskiego od zachodniej granicy państwa z Niemcami do miejscowości Jarosławiec, na pograniczu z drugą, nowo sformowaną 9 Flotyllą Obrony Wybrzeża w Helu oraz akwenu przyległego. Zasadnicze siły Flotylli przeznaczone były do udziału w przewidywanym na wypadek wojny z państwami NATO desancie morskim. Na wypadek wojny miało być początkowo mobilizowane dowództwo 4 Brygady Trałowo-Minowej.