Na przełomie lat 80. i 90. nastąpiły kolejne zmiany strukturalno-organizacyjne. Na skutek dokonującej się transformacji społeczno-politycznej, zmiany doktryny Sił Zbrojnych oraz nowej koncepcji obronnej rozwoju sił morskich, nastąpiło masowe wycofywanie okrętów i kutrów desantowych. Efektem tych przeobrażeń była zmiana nazwy 2 Brygady Okrętów Desantowych na 2 Brygadę Okrętów Transportowo-Minowych (12 lipca 1992 roku), a następnie przeformowanie jej na 2 Dywizjon Okrętów Transportowo-Minowych (1 września 1992 roku). W latach 80. wycofano trałowce projektu 254K i 254M, które zastąpiono nowymi okrętami projektu 207D oraz 207P. 31 lipca 1993 roku z podporządkowania dowódcy 2 Brygady Okrętów Transportowo-Minowych wyłączono 1 Dywizjon Saperów Morskich, przeformowując go na 4 Batalion Minowania MW. Wcześniej rozformowano 2 Oddział Zabezpieczenia MW (31 października 1989 roku) oraz dywizjon i dwie baterie artylerii przeciwlotniczej (31 stycznia 1990 roku). W tym samym czasie z kutrów Bałtyckiego Dywizjonu Okrętów Pogranicza rozformowanej Brygady Okrętów Pogranicza w 1991 roku utworzono 16 Dywizjon Kutrów Zwalczania Okrętów Podwodnych, z miejscem stacjonowania w Kołobrzegu.