W związku z dostosowaniem sił morskich do standardów NATO, ze służby wycofano kilkanaście jednostek pływających, wcielając do linii okręt wsparcia logistycznego ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki” (1 września 2001 roku). Rozformowano 4 Batalion Minowania MW w Dziwnowie (30 września 2005 roku), 16 Dywizjon Kutrów ZOP w Kołobrzegu (31 lipca 2006 roku), Komendę Portu Wojennego Kołobrzeg (31 grudnia 2006 roku). Podporządkowanie pod Centrum Wsparcia Teleinformatycznego i Dowodzenia MW zmienił 8 Rejon Obserwacji i Łączności (30 października 2006 roku). 1 lipca 2006 roku, w wyniku rozformowania 9 FOW, dowódcy 8 FOW podporządkowano 13 Dywizjon Trałowców stacjonujący w porcie wojennym Gdynia. Należy nadmienić, że okręty 13 Dywizjonu Trałowców pozostawały w strukturach Flotylli od 2006 do 2009 roku, następnie były w podporządkowaniu dowódcy 3 FO, by ponownie powrócić w struktury 8 FOW z dniem 1 listopada 2013 roku. W tym samym czasie Orkiestra Wojskowa MW została podporządkowana Dowódcy Garnizonu Warszawa. 31 grudnia 2013 roku została rozformowana Komenda Garnizonu Świnoujście. Wcześniej, w wyniku reformy służby zdrowia, Wojskową Specjalistyczną Przychodnię Lekarską przekształcono w Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej podległy Inspektoratowi Służby Zdrowia w Warszawie.