Fourdan kontynuował rozwój projektu. w roku 1998 zostało wydane Xfce 2 wraz z menedżerem okien Xfwm. Autor zaproponował włączenie projektu do Red Hat Linux, lecz dostał negatywną odpowiedź ze względu na bazowanie na XForms. Red Hat akceptował wyłącznie projekty oparte na otwartej licencji kompatybilnej z GPL lub BSD, a w tym czasie XForms było darmowe wyłącznie do użytku domowego. Z tego samego powodu, Xfce nie znajdowało się w Debianie przed wersją 3, a Xfce 2 znajdowało się w repozytorium contribDebian xfce source package 3.4.0.20000513-1 changelog..
W marcu 1999 roku Fourdan rozpoczął przepisywanie Xfce, opierając się na zyskującym na popularności GTK+. Wynikiem było Xfce 3.0, oparte na licencji GPL. Wraz z bazowaniem w pełni na otwartym oprogramowaniu, otrzymało ono wsparcie funkcji „przeciągnij i upuść”, wersji językowych i większe możliwości konfiguracji. Xfce zostało umieszczone na SourceForge.net w lutym 2001 roku w wersji 3.8.1.