Najważniejsze publikacje Eksperci Instytutu Sobieskiego opracowali w 2004 roku raport pt. „Publiczne wysłuchanie: Kontrola stanowienia prawa przez obywateli”, który stał się podstawą wprowadzenia w Polsce instytucji wysłuchania publicznego. Na początku 2007 roku zespół ekspertów i analityków instytutu opracował „Program polityki rodzinnej”, który był podstawą przedstawionego przez Jarosława Kaczyńskiego i minister Joannę Kluzik-Rostkowską projektu nowej polityki prorodzinnej.
W 2010 roku Instytut opublikował raport „Prawdziwy dług Polski”, w którym ekspert Paweł Dobrowolski przedstawił kwestie ukrytego długu i sposobu prezentowania zadłużenia sektora publicznego. W 2011 roku ekspert Leszek Skiba przedstawił raport „Rządzić państwem. Centrum decyzyjne rządu w wybranych krajach europejskich”, w którym przedstawiono sposób funkcjonowania kancelarii premiera w zachodnich państwach jako organu planującego i koordynującego wieloletnią politykę społeczną. W 2012 roku opublikowana została zbiorowa praca zespołu ekspertów „Katastrofa. Bilans dwóch lat”, w której podsumowano działania państwa w obszarze katastrofy smoleńskiej.