Śmierć Pod koniec życia Mikołaj Czarny Radziwiłł chorował na podagrę. Twierdzono, że za poradą lekarza Żyda wysmarował się rtęcią, aby złagodzić cierpienia związane z chorobą. Giovanni Francesco Commendone w liście z czerwca 1565 pisał: Wkrótce po tym namaszczeniu wzmogły się bóle, dręczyły go przez całe trzy dni bez przerwy tak dalece, iż naprzód popękały mu oczy, uszy i gęba, następnie rozparło mu boki, a na koniec głowa rozszczepiła się na dwie części tak, iż opuszczony od Boga, w okropnym wyciem wyzionął ducha.
Po jego śmierci nuncjusz papieski napisał: Tak oto umarł najbardziej wpływowy człowiek w tym kraju, bez którego zgody nic nie mogło się wydarzyć.
W 2004 w pozostałościach kościoła kalwińskiego w Dubinkach znaleziono szczątki, które zidentyfikowano jako należące do Mikołaja Radziwiłła Czarnego i jego krewnych (w tym Mikołaja Rudego). 5 września 2009 odbył się ich powtórny uroczysty pogrzebLitwa żegna Radziwiłłów..
W kulturze W serialu biograficznym Królowa Bona Mikołaj Radziwiłł zw.