Seria Millenium W serii Shinsei Mothra pojawia w trzech odmiennych interpretacjach. W filmie Wielka bitwa potworów z 2001 roku Mothra wraz Ghidorą i Baragonem są potworzymi obrońcami Japonii i stają do nierównej walki z Godzillą, będącym personifikacją ofiar II wojny światowej. Mothra zostaje zabita.
Kolejny raz oba potwory spotykają się w filmie Godzilla: S.O.S. dla Tokio z 2003, gdzie Mothra grozi zniszczeniem ludzkości za wykorzystanie szkieletu Godzilli do budowy Kiryu jako zbrodnię przeciw naturze. Ostatecznie zgadza się na ochronę Japonii przed Godzillą, jednak ginie. Daje życie dwóm larwom, które z pomocą Kiryu pokonują Godzillę.
Ostatnim występem Mothry jest film Godzilla: Ostatnia wojna z 2004 roku, gdzie 12 tysięcy lat temu obroniła Ziemię przed Giganem. Gdy zmodyfikowany Gigan i Monster X zagrażają Godzilli, Mothra zostaje wezwana na pomoc i toczy bitwę z Giganem, w której zabija go. W walce wygląda na to, że Mothra również zginęła, dopiero na tle napisów końcowych możemy zobaczyć scenę, w której wraca na swoją wyspę.