Zmieniono także kolorystykę wnętrza.
Wnętrze Budynek jest orientowany, jednonawowy z wyodrębnionym mniejszym prezbiterium, zamkniętym półkoliście. W ołtarzu głównym, pochodzącym z 1730, znajduje się obraz obraz Matki Bożej Świętojańskiej, według tradycji przywieziony z Hiszpanii przez księcia Stanisława Radziwiłła. Po bokach znajdują się posągi św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty patronów kościoła oraz zawieszone są wota: polska karabela, turecka szabla z XVII wieku oraz dwie pary żelaznych kajdan z łańcuchami z XVIII wieku. Pozostawił je tutaj wybawiony z ciężkiej niewoli więzień. Od tego momentu obraz zaczęto nazywać Matką Boską od wykupu niewolników lub Matką Wolności. 9 maja 1965 arcybiskup Karol Wojtyła ukoronował postacie Matki Boskiej z Dzieciątkiem ze świętojańskiego wizerunku.
Ołtarze boczne są z okresu późnego baroku, wykonano je przed 1748 rokiem.
Polichromię sklepienia wykonał w 1959 roku Edward Mytnik, zastąpiła ona wcześniejszą z lat 20.