Uczestniczył w rozbrojeniu Niemców w Warszawie, gdzie z ramienia Piłsudskiego jako jego mąż zaufania przy niemieckiej Radzie Żołnierskiej doprowadził do rozbrojenia i ewakuacji niemieckiego garnizonu w Warszawie.

11 listopada 1918 r. Piłsudski spotyka się z niemiecką Radą Żołnierską której przedstawia Boernera jako swojego oficera odpowiedzialnego za ewakuację Niemców z Warszawy. Już 13 listopada odjechało 6 transportów kolejowych z żołnierzami a 19 listopada ostatni. W sumie opuściły Warszawę 22 transporty z 26930 Niemcami. Na ostatniej stronie raportu Boernera z tej ewakuacji jest notatka. ”Stwierdzam niniejszym, że Pan Major Boerner sprawnością, taktem, spokojem, energią, słowem, cała swoją osobowością, doprowadził do spokojnej ewakuacji wojsk niemieckich z Warszawy – który to sukces przyczynił się w tych ciężkich chwilach do możebności rozpoczęcia prac nad organizacją państwa, rządu i wojska. Potwierdzam to, jako naoczny świadek i wspólnie z majorem Boernerem pracujący.”