W późniejszych latach na skutek kolejnych korekt ulic cmentarz osiągnął obecną powierzchnię 43 hektarów.
Po zniwelowaniu w 1875 wału Lubomirskiego i przeprowadzeniu w jego miejscu ulicy Okopowej w 1887 nekropolia została włączona w granice administracyjne Warszawy.
We wrześniu 1939 roku uszkodzone zostało 29 kwater. Niewyremontowane groby zostały przez zarząd cmentarza rozebrane. W 1942 roku na skutek nalotów radzieckich zostało uszkodzonych kilka kwater od strony ulicy Okopowej. Podczas okupacji niemieckiej znajdowały się tu podziemne arsenały broni. Podczas powstania warszawskiego Niemcy wprowadzili na jego teren czołgi.
W 1965 roku nekropolia razem z kościołem i katakumbami została wpisana do rejestru zabytków.
Do 1970 trwała odbudowa katakumb, jednak na skutek braku dokumentacji i zniszczeń wojennych nie wszystkie udało się odrestaurować i przywrócić na właściwe miejsce. W budynku katakumb zorganizowano również mauzoleum, gdzie złożono prochy zamordowanych w obozach koncentracyjnych.