Od czasu wkroczenia wojsk niemieckich do Poznania nastąpiła stopniowa dewastacja synagogi. 15 kwietnia 1940 roku została usunięta ostatnia gwiazda Dawida. W tym samym roku została przebudowana na krytą pływalnię dla żołnierzy Wehrmachtu, co nadało budowli obecny kształt. W trakcie przebudowy całkowicie zniszczono wnętrze, uproszczono bryłę, rozebrano kopuły, zmieniono wszystkie otwory.
Okres powojenny thumb|Wnętrze budynku w 2017 roku O tym, że był to dom modlitwy przypomina jedynie pamiątkowa tablica przy wejściu, odsłonięta w 2004 roku z inicjatywy Fundacji Rozwoju Sportu Szkolnego. Jej treść w języku polskim i angielskim brzmi: „Ten budynek wzniesiony w 1907 r. był synagogą i służył jako dom modlitwy do 1939 r.” Pierwsza tablica pamiątkowa została zawisła na synagodze na początku lat 90. XX wieku, dzięki staraniom Johna i Danel Marcus. Ufundowała ją korporacja For International Education. Wykonana z mosiądzu przez artystę rzeźbiarza Piotra Andruszkę wisiała tylko kilka lat. Prawdopodobnie ukradli ją poszukiwacze złomu.