W 1925 roku świątynia została przekazana Garnizonowi Kieleckiemu Wojska Polskiego i zaraz po tym rozpoczęto jej remont, podczas którego jej wnętrze zostało przebudowane w celu umożliwienia prowadzenia liturgii rzymskokatolickiej. Po zakończeniu remontu w dniu 8 grudnia 1926 roku dokonano poświęcenia obiektu i przemianowano na Kościół Garnizonowy pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny Królowej Polski. Na wyposażeniu kościoła znalazły się między innymi wejściowe drzwi, kamienna balustrada w prezbiterium oraz dzwon, które pochodziły z nieistniejącej już pierwszej wybudowanej cerkwi – soboru Wniebowstąpienia Pańskiego mieszczącej się obok katedry w miejscu obecnego skweru Stefana Żeromskiego. Dwa lata później, w 1928 roku zostały zamontowane organy. W 1935 roku polecono wykonać ołtarz dębowy Józefowi Bednarskiemu z pieniędzy przydzielonych jako wotum ocalenia z wypadku drogowego przez generała Sławoja Skłodowskiego.