Gniazdo Najchętniej lęgnie się od maja do czerwca w dziuplach wykutych przeważnie przez dzięcioły (ale sam ich nie wykuwa), rzadziej budkach lęgowych, jeśli są na danym terenie i zwłaszcza wtedy, gdy nie ma tam odpowiedniej wielkości dziupli. Jeżeli wybrana dziupla ma zbyt duży otwór (względem tułowia ptaka), samica potrafi pomniejszyć go, używając gliny, błota i iłu (mieszając je wcześniej w dziobie ze śliną). Otwór wejściowy staje się tak mały, że sama z trudem potrafi się przez niego przecisnąć. Jest to dobry sposób obrony przed drapieżnikami i jednocześnie cecha rozpoznawcza dziupli zamieszkanych przez kowaliki. Wyściółka z płatków kory, szczególnie sosny (latać w tym celu może nawet kilkaset metrów od gniazda), mchu lub z suchej trawy i liści. Gliną kowalik wygładza też nierówności dziupli. Zazwyczaj zajmuje tę samą dziuplę przez kilka sezonów.
Jaja mały|lewo|180px|Jajo Wyprowadza jeden lęg w ciągu roku. W kwietniu składa 5–8 jaj o średnich wymiarach 20×15 mm, białych z nielicznymi rdzawymi, szarymi i szaro-fioletowymi plamkami, które są gęściej usiane na tępym końcu.
thumb|Zimą kowaliki tworzą mieszane stada z innymi gatunkami małych ptaków