Zebrane duże nasiona rozkuwa poprzez ich wciśnięcie w zakamarki kory lub w zagłębienia ziemi. Zimą odwiedza karmniki.
Status zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje kowalika za gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern). Według szacunków organizacji BirdLife International, w 2015 roku liczebność europejskiej populacji (wraz z Turcją) wynosiła 21,4–42,8 miliona dorosłych osobników. Liczebność światowej populacji mieści się w przedziale 10–500 milionów dorosłych osobników. Globalny trend liczebności populacji oceniany jest jako stabilny, choć fluktuujący ze względu na wahania dostępności pożywienia. Największym zagrożeniem dla gatunku jest niszczenie i fragmentacja lasów.
Na terenie Polski gatunek ten jest objęty ścisłą ochroną gatunkowąRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt ().. Na Czerwonej liście ptaków Polski został sklasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (LC). Według szacunków Monitoringu Pospolitych Ptaków Lęgowych, w latach 2013–2018 krajowa populacja kowalika liczyła 479–569 tysięcy par lęgowych.