Nie udało się zdobyć Petry później ani królowi Judei, Herodowi Wielkiemu, próbującemu zdobyć Petrę razem z egipską królową Kleopatrą, ani też cesarzowi Oktawianowi Augustowi. Niemniej, chociaż militarnie nie zdobyta, ani niebędąca tworem rzymskim, Petra czuła respekt przed Rzymem i swoimi siłami wspierała imperium (np. podczas tzw. wojny aleksandryjskiej w 47 r. p.n.e.). Dawało to władcom skalnego państwa status państwa klienckiego, cieszącego się jako sojusznik imperium znaczną dozą niezależności. Właśnie na ten okres przypada apogeum znaczenia i rozkwitu miasta, szczególnie za czasów panowania króla Aretasa IV (9 p.n.e. – 40 r. n.e.). Szacuje się, że liczba mieszkańców miasta wahała się wówczas w granicach 30-40 tys.
Stan formalnego sojuszu i względnej niezależności Petry, trwał aż do czasów cesarza Trajana, który zajął miasto w 106 r., w rok po śmierci ostatniego jej władcy Rabela II i ustanowił w nim stolicę nowej prowincji rzymskiej – Arabii. W zasadzie aneksja Petry przez Rzym przeszła bez komplikacji i oporu ze strony miejscowej ludności. Był to jednak kres niezależnego królestwa Nabatejczyków. W dalszym ciągu jednak Petra była ważnym centrum handlowym w regionie, a podniesienie przez Trajana jej statusu z grodu – osiedla tubylczego do rangi miasta rzymskiego, w dużym stopniu przyczyniło się do jej rozwoju.