(a wiązany z panowaniem czeskim lub nawet wielkomorawskim – datacja na podstawie analogii w powstawaniu budowli na planie krzyża greckiego na terenie Europy Środkowej oraz wezwania kościoła), faza II – rotunda, postawiona na miejscu prezbiterium, podczas gdy pozostałe części kościoła na planie krzyża greckiego mogły służyć np. jako palatium, faza III – kościół romański z XII w., którego relikty znajdują się w murach dzisiejszej świątyniGrabski W., Zin W., Kościół św. Salwatora w Krakowie w świetle ostatnich badań, "Sprawozdania Polskiej Akademii Nauk", 1966..
Teoria ta, choć często pojawiająca się do dziś w popularnych publikacjach, zakwestionowana została przez dość przekonywające wyniki badań T. Lenkiewicz-Radwańskiej z lat 80. XX w. Zgodnie z nimi kościół tzw. "I fazy" faktycznie został postawiony na planie krzyża łacińskiego, a nie greckiego (na planie dość bliskim konstrukcji krakowskiego kościoła św. Andrzeja), a kościół tzw. "III fazy" stanowi tylko przekształcenie pierwotnego zamierzenia.