W XXI wieku na dnie oceanu wybrzeży Normandii załoga statku Gotengo pod wodzą kapitana Gordona walczy z potworem Mandą. Potwór zostaje zniszczony, jednak Gordonowi grozi sąd wojskowy za uszkodzenie Gotengo i narażanie życia. W ośrodku szkoleniowym Organizacji M mutanci Ozaki i Kazama mają wspólny sparing, gdzie wytyka się Ozakiemu, że jest zbyt miękki. Wkrótce Ozaki zostaje oddelegowany do ochrony doktor Miyuki Otonashi, biologa przysłanego przez ONZ, jako że w Hokkaido odkryto zmumifikowanego potwora. Tam jest wykazane, że mumia jest cyborgiem stworzonym przez kosmitów. Wykryta też zostaje w niej – dodatkowy gen posiadany przez mutanty. W trakcie dalszych badań profesor Jingūji, doktor Otonashi i Ozaki zostają nagle transportowani na Wyspę Infant przez Shobijin. Te mówią, że mumia należy do złego potwora Gigana, który 12 tys. lat temu stoczył walkę z Mothrą. Mówią Ozakiemu, że ma w sobie zło Gigana, jednak wciąż ma wybór i Mothra będzie jego sojusznikiem jako obrońcy Ziemi. Po chwili cała trójka wraca do laboratorium sądząc, że to była zbiorowa halucynacja, dopóki nie znajdują w rękach Ozakiego amuletu z wyspy Infant.