Pilzkonzept Po zjednoczeniu Niemiec podjęto ponownie plany reorganizacji ruchu kolejowego w Berlinie. Ruch pociągów pasażerskich odbywa się wedle opracowanej przez Deutsche Bahn tak zwanej koncepcji „grzyba” (Pilzkonzept)Duże projekty kolei niemieckich. TTS Technika Transportu Szynowego, R. 15, nr 10/2009, s. 51..
Od maja 2006 pociągi kursują po północnej części wewnętrznej kolei obwodowej oraz Stadtbahn, które stanowią kapelusz grzyba. Nogę grzyba stanowi nowy tunel w kierunku północ-południe, łączący tereny dawnych Potsdamer Bahnhof i Lehrter Bahnhof. Miejsce, w którym kapelusz opiera się na nodze, stanowi nowy dworzec wieżowy Berlin Hauptbahnhof.
Dworce dalekobieżne Wymienione dworce obsługują zarówno pociągi dalekobieżne (ICE, IC), jak i regionalne (RB, RE) oraz S-Bahn. Berlin-Gesundbrunnen (otwarty 28 maja 2006) Berlin Hauptbahnhof (dawniej Berlin Hauptbahnhof-Lehrter Bahnhof, Berlin Lehrter Bahnhof, otwarty 28 maja 2006) Berlin-Lichtenberg (pociągi do Polski, nocne do krajów Europy Wschodniej i RB do paru miejscowości na północ od Berlina). Berlin Ostbahnhof Berlin-Spandau (połączenia w kierunku zachodnim) Berlin Südkreuz (dawniej Berlin Papestraße, otwarty 28 maja 2006) Berlin-Wannsee (niewielkie znaczenie ruchowe, połączenia w kierunku południowo-zachodnim) Berlin Zoologischer Garten (od 28 maja 2006 tylko