Po tym jak Saul umocnił swoją władzę, Samuel zrzekł się swojego urzędu. Jego służba została oceniona przez Izraelitów pozytywnie. Synowie nie rościli sobie praw do następstwa. W pożegnalnym przemówieniu, Samuel przypomniał narodowi jego dzieje, w tym odstępstwa od Pana. Odwołał się do idei teokratycznej, nazywając królem Boga Jahwe. Zapowiedział ludowi powodzenie w przypadku wierności Bogu, grożąc jednocześnie nieszczęściem w przypadku odstępstwa. Obiecał jednocześnie, że aż do swej śmierci będzie modlił się za swój lud1 Księga Samuela, Rozdział 12 w przekładzie Biblii Tysiąclecia..
thumb|Samuel namaszcza Dawida syna Jessego na przyszłego króla Izraela, obraz Antonia Gonzáleza Velázqueza, XVIII wiek
Samuel i Dawid Wkrótce zaczął rysować się konflikt pomiędzy Samuelem a Saulem. Król nadużył swojej pozycji, składając ofiarę Panu, co spotkało się ze sprzeciwem Samuela.. Po jakimś czasie Samuel obwieścił Saulowi polecenie Pana, by wszcząć świętą wojnę przeciwko Amalekitom. Saul wyruszył do walki, jednak wbrew poleceniu Pana oszczędził najlepsze sztuki amalekickiego bydła i trzody oraz pozostawił przy życiu króla Agaga. Samuel ogłosił Saulowi odrzucenie go przez Pana oraz zapowiedział objęcie władzy przez kogoś innego. Następnie sam uśmiercił Agaga.