Uroczyste przeniesienie się z kościoła dominikańskiego do drewnianego kościoła odbyło się 1 czerwca 1625 roku. Murowany, jednonawowy kościół powstał w latach 1632–1642. Oprócz fundatorów przy wznoszeniu barokowej świątyni zasłużył się również Andrzej Chociński kanonik łęczycki oraz Piotr z Pabianic i Franciszek Molski – dwaj następni przełożeni klasztoru. Ozdobiony 2 wieżami kościół pod wezwaniem Znalezienia Krzyża Św. wraz z głównym ołtarzem został konsekrowany 16 listopada 1642 roku przez Jana Baykowskiego biskupa sufragana poznańskiego. Cały obiekt klasztorny chroniony był przez mur oraz baszty. thumb|240px|Fragment barokowej bramy kościoła – franciszkanin z czaszką thumb|240px|Wnętrze kościoła W latach 1655–1657 w czasie najazdu szwedzkiego spaliła się jedna z wież i zostało zniszczone sklepienie kościoła. Cały skarbiec świątynny został doszczętnie rozkradziony. Dopiero po pięćdziesięciu latach kościół został ponownie konsekrowany – 29 stycznia 1696 roku. W czasie naprawy szkód w kościele stanęły nowe ołtarze: Matki Bożej, św. Anny, św. Franciszka, ołtarz główny oraz św. Michała. Sceny Męki Pańskiej na ścianach prezbiterium pochodzą z lat 1758–1761. Węgier z pochodzenia, Stefan Milner wykonał polichromię w zakrystii, a Jakub z Prus – piękne inkrustowane meble.