Tego samego roku z zespołu odszedł współzałożyciel zespołu, perkusista Jan Rechberger, którego zastąpił Pekka Kasari.
14 maja 1996 roku ukazał się trzeci album grupy pt. Elegy. Tego samego roku do zespołu dołączył klawiszowiec Kim Rantala, którego zastąpił Santeri Kallio. 27 maja 1997 roku ukazał się trzeci minialbum pt. My Kantele. 6 lutego 1999 roku nakładem Spinefarm i Relapse Records ukazał się singel Divinity promujący czwarty album pt. Tuonela. Wydawnictwo ukazało się 29 marca nakładem Relapse Records. 10 maja 2000 roku ukazała się kompilacja nagrań grupy pt. Story: 10th Anniversary. Wydawnictwo ukazało się z okazji dziesięciolecia działalności artystycznej zespołu. Esa Holopainen skomentował rocznicę w następujący sposób:
Tego samego roku z zespołu odszedł basista Olli-Pekka „Oppu” Laine, którego zastąpił Niclas Etelävuori. 1 lutego 2001 roku ukazał się singel Alone promujący piąty album Am Universum, który ukazał się 3 kwietnia. Wydawnictwo powstało we współpracy z producentem muzycznym Simonem Efemy, który pracował dotychczas m.in. z grupami Paradise Lost i Pantera. W 2002 roku grupę opuścił Pekka Kasari, zastąpił go występujący poprzednio w zespole jej współzałożyciel Jan Rechberger. W kwietniu 2003 roku ukazały się singel Day of Your Beliefs, a następnie 26 maja Evil Inside. Utwory promowały szósty album pt.