Był nieprzychylnie nastawiony do prymasa Stefana Wyszyńskiego. Na łamach prasy krytykował jego działania i reformy personalne przeprowadzane w Kościele rzymskokatolickim oraz to, iż rzekomo publicznie podżegał do niszczenia świątyń polskokatolickich. Władze PRL były zadowolone z działań podejmowanych przez bp. Rodego, liczba wiernych Kościoła regularnie wzrastała, przybywały nowe parafie na terenie całej Polski. Z czasem jednak władze zaczęły odczuwać, iż aktywność bp. Rodego zmalała, a Kościół stracił misyjnego duchaKonrad Białecki, Lepsi katolicy w: Biuletyn IPN 3/38/2004, Warszawa 2004.. Władze państwowe wówczas twierdziły, iż bp Rode nie prowadzi dynamicznych zmian, a tylko powiększa majątkowy i administracyjny stan Kościoła poprzez wcielanie do instytucji kolejnych skłóconych z biskupami rzymskokatolickimi parafii. Również kler i polskokatolicy zaczęli zarzucać zwierzchnikowi zbytnią pychę i nazywanie siebie prymasem. 1 listopada 1965 zmuszono bp. Rodego do złożenia dymisji, a nowym biskupem został Julian PękalaTomasz Terlikowski, Kościół w służbie komunizmu, EAI.pl Ekumenizm.pl (2004).