W styczniu 1945 r. teren elektrowni został zaminowany przez niemiecką grupę techniczną TB-6. Do tego celu użyto 25 bomb lotniczych o wadze 150 kg każda i 10 skrzyń dynamitu.
16 stycznia 1945 Niemcy nakazali załodze opuszczenie zakładu i około godz. 17 wysadzili będącą w ruchu elektrownię. Jednym z ostatnich opuszczających zakład był inż. Kazimierz Wolff. Elektrownia w Pruszkowie była najbardziej zniszczoną elektrownią w Polsce. Stopień zniszczeń oszacowano na 67-80%. Już następnego dnia mgr inż. Franciszek Bilek kierował odbudową elektrowni. 18 grudnia 1945 uruchomiono turbozespół o mocy 8 MW oraz 2 kotły parowe, a w rok później następne 2 kotły. 22 lipca 1947 uruchomiono drugi turbogenerator o mocy 6,2 MW, a na początku maja 1949 r. oddano do użytku turbinę o mocy 10 MW.
PRL W 1945 roku pracownicy elektrowni pomagali w uruchomieniu Elektrowni Warszawskiej.
Odbudowę elektrowni zakończono w 1953 roku, osiągnęła ona wtedy moc 38 MW.
W dniu 30 VII 1947 Elektrownia Pruszkowska przeszła na własność państwa.