W tym samym roku sklasyfikowano stan chemiczny wód jako poniżej dobrego, co wynikło z przekroczenia niektórych substancji kumulujących się w ciele ryb (polibromowane difenyloetery, rtęć, heptachlor) oraz benzo(a)pirenu w wodzie.
Na terenie miasta znajdują się źródła mineralne, szczawy alkaliczno-słone bogate w związki sodu, chlorki, bromki, bor i jod. Noszą one nazwy: Jan, Józef, Józefina, Pitoniakówka, Wanda, Stefan, Szymon oraz Helena. Obecność wód mineralnych związana jest z położeniem miasta w tzw. prowincji szczaw karpackich, południowo-zachodniej części rozległej strefy występowania wód mineralnych.
W miejscowości nie znajdują się żadne większe akweny.
Klimat Szczawnica według regionalizacji klimatycznej Eugeniusza Romera znajduje się w rejonie zaciszy śródgórskich, natomiast zgodnie z regionalizacją klimatyczno-rolniczą Wincentego Okołowicza i Danuty Martyn leży w karpackiej dzielnicy rolniczo-klimatycznej. Najniższe notowane w tym regionie średnie temperatury są w styczniu (–8,1 °C), a najwyższe w lipcu (7,2 °C). Cechuje go piętrowość klimatyczna i występowanie wiatrów lokalnych (feny, wiatry górskie i dolinne). Średnie roczne opady wynoszą do 1750 mm.