Obiekt został zajęty przez Sowietów w końcu września 1939 roku. W dzień Sylwestra 1939 roku do obserwatorium dotarł rosyjski astronom, prof. Aleksander Jakowlewicz Orłow (który krótko przed tym odwiedził pozostałych na Uniwersytecie Lwowskim polskich astronomów). Na podstawie jego relacji można przypuszczać, że w budynku stacjonowała wtedy jakaś nieliczna załoga, najprawdopodobniej żołnierzy wojsk wewnętrznych NKWD. Na przełomie 1939 i 1940 roku na budynku zainstalowano duży reflektor, używany do kontrolowania granicy. Natomiast od połowy 1940 do czerwca 1941 roku na Popie Iwanie działała stacja meteorologiczna, której dyrektorem był Michaił K. Korostarenko. W czerwcu 1941 roku budynek zajęły wojska węgierskie, umieszczając tam swoją placówkę granicznąAlmanach karpacki „Płaj”, nr 45, 2012.. Po opuszczeniu przez nich budynku, prawdopodobnie jeszcze przed zimą 1941, miejscowa ludność oraz przypadkowi „turyści” dokonali rabunku całego wyposażenia i doprowadzili obiekt do stanu ruiny. W marcu 1942 roku miejsce to wizytował po raz pierwszy dr Kurt Walter, niemiecki astronom, ustanowiony przez władze okupacyjne komisarycznym nadzorcą obserwatoriów astronomicznych na terenie Generalnego Gubernatorstwa.