Wtem, niespodziewanie do gry o piłkarza włączyła się FC Barcelona i to właśnie ona go pozyskała. Okres gry w Dumie Katalonii był naznaczony kontuzjami mięśniowymi, przez co rozegrał w jej barwach tylko 19 spotkań. Po przejęciu klubu przez Bobby’ego Robsona poprosił o transfer. Nowym klubem piłkarza została Sevilla, ale spędził tam tylko pół roku.
Latem 1997 Prosinecki powrócił do Dinama Zagrzeb, z miejsca zostając czołowym zawodnikiem klubu. Powrót do klubu, dał zarówno piłkarzowi, jak i klubowi nowy wiatr w żagle, czego skutkiem były trzy mistrzostwa Chorwacji, jeden Puchar Chorwacji oraz dwukrotny awans do Ligi Mistrzów. 14 lipca 2000 roku trafił do NK Hrvatski Dragovoljac, w którym zagrał 4 spotkania i strzelił 1 bramkę. Latem 2001 roku, niespodziewanie, został piłkarzem angielskiego drugoligowca Portsmouth FC.