Rundę wiosenną Nawotczyński rozpoczął od spotkania z Widzewem Łódź w którym wyszedł w podstawowym składzie. W 90 minucie strzałem głową zdobył gola, który zapewnił Koronie remis 2:2 i cenny punkt. Tydzień później, zagrał bardzo słabo przeciwko Stali Stalowa Wola i na trzy kolejki stracił miejsce w podstawowym składzie. Powrócił w dobrym stylu w rywalizacji z GKS-em Katowice. Nawotczyński wciąż jednak miał problemy z ustabilizowaniem formy i nie był takim wzmocnieniem defensywy jak w rundzie jesiennej. W sezonie 2008/2009 wystąpił łącznie w 24 meczach i strzelił dwa gole. Korona w lidze zajęła trzecie miejsce i uzyskała prawo gry w barażach. W lipcu, dzięki decyzji Komisji ds. Nagłych PZPN bezpośrednio awansowała do Ekstraklasy.
Sezon 2009/2010 Nawotczyński rozpoczął jako podstawowy prawy obrońca. Po dobrym występie przeciwko Polonii Warszawa, słabo zagrał w meczu z Lechem Poznań w którym już w trzeciej minucie strzelił samobója. Ówczesny trener Korony, Marek Motyka nie skreślił go jednak i dał mu szansę w wyjazdowych spotkaniach w Białymstoku i Bytomiu. Korona oba mecze przegrała, zaś Nawotczyński spisywał się poniżej oczekiwań i od tego momentu było mu bardzo ciężko odzyskać miejsce w składzie. Jesienią zagrał zaledwie w sześciu spotkaniach Ekstraklasy.